این بخش از آزمایشگاه دارای اهمیت بالایی است در این بخش نمونه های خون ، ادرار ، مایعات مختلف بدن و … مورد بررسی میکروسکوپی و کشت واقع شده و تست های دقیق آنتی بیوگرام صورت می گیرد و نتایج آنتی بیوگرام توسط سیستم آنتی بیوگراف محاسبه و گزارش می شود.یکی از بخش های آزمایشگاه می‌باشد که وظیفه آن جمع آوری، بررسی و تشخیص نمونه‌های مشکوک به لحاظ وجود قارچ‌های بیماریزا می‌باشد. علائم و نشانه‌های عفونت قارچی پوست به نوع قارچ و ناحیه درگیر شده بستگی دارد. بثورات قارچی گاهی اوقات با دیگر بیماری‌های پوستی مانند پسوریازیس و اگزما اشتباه گرفته می‌شوند. بیمار‌های قارچی پوست می‌توانند انواعی از بثورات مختلف پوستی را ایجاد کنند. بعضی از آن‌ها باعث ایجاد قرمزی، پوسته پوسته شدن پوست و خارش می‌شوند و بعضی فقط باعث ایجاد خشکی پوست می‌گردند. قارچ‌ها می‌توانند فقط یک منطقه‌ی خاص یا چندین ناحیه از بدن را درگیر نمایند.در بخش تجزیه ادرار آزمایشگاه تمام پارامترهای بیوشیمیایی از جمله: قند، پروتئین، بیلی روبین، اوروبیلینوژن و … مورد تجزیه قرار می‌گیرند. به علاوه در این بخش می‌توان ادرار را از نظر برخی موارد که به صورت معمول در ادرار وجود ندارند و در اثر برخی از بیماری ها سیتماتیک و نقص های ایمنی مادرزادی در ادرار دیده می شوند نیز مورد آزمایش قرار می‌گیرند.برخی از اقدامات انجام شده در این بخش در آزمایشگاه پاتوبیولوژی شامل فعالیت در زمینه نمونه برداری و تشخیص قارچ های بیماری زای پوست میباشدآزمایش Semen Analyses در آزمایشگاه هم به صورت دستی و هم با استفاده ازسیستم نرم افزاری طبق استاندارد‌های WHO انجام می‌شود.